בעקבות הלחימה בעזה, מספר ארגונים פוליטיים ישראלים הטוענים כי הם מקדמים זכויות אדם, פרסמו האשמות מוטות נגד ישראל. ארגונים אלה רומזים, מבלי לספק הוכחות, כי ישראל מבצעת פשעי מלחמה והפרות של זכויות אדם. הצהרותיהם משקפות הטיה מובנית, ומנוגדות לשתיקתם כאשר זכויות אדם של ישראלים מופרות.
במהלך השבועות שקדמו למבצע עמוד ענן, אמנסטי אינטרנשיונל לא פרסם ולו הודעה אחת המגנה את הירי המסיבי של רקטות לעבר אזרחים ישראלים על ידי חמאס וארגוני טרור פלסטינים אחרים. בכך הפגין את החשיבות הנמוכה שהוא מייחס לזכויות האדם של אזרחים ישראלים.
ההצהרות הבאות ניתנו על-ידי ארגונים לא ממשלתיים מאז חיסולו של רמטכ"ל החמאס, אחמד ג'אעברי ב- 14 בנובמבר 2012 ומטח הטילים המאסיבי שנורה לעבר ישראל. אף אחד מן הארגונים הללו לא גינה את ירי הטילים מעזה- שכל אחד מהווה בפני עצמו פשע מלחמה - המכוון כלפי אזרחים ישראליים, אשר החריף בשבוע שלפני המבצע וגרר תגובה ישראלית.
הקשיים הכלכליים של הוועד הישראלי נגד הריסת בתים מדגימים את התלות המובנית של ארגונים לא ממשלתיים בתורמים, הטוענים כי הם מממנים "פרויקטים בלבד".
מערכת היחסים בין הקרן החדשה לישראל, חותמים מחדש והמחלוקת הזו הינה מורכבת יותר מכפי שתואר בהודעת הקרן החדשה. זו מוסיפה לשאלות שכבר הועלו בעבר בנוגע למערכת קבלת ההחלטות של הקרן החדשה לישראל בכל הקשור להענקת מענקים ובקרה על פעילותיהם של מוענקים בעלי אופי פוליטי.
עדכון הדו"ח על ממשלת אירלנד והמעורבות במימון לארגונים ישראלים ופלסטינים העוסקים בפעילות אנטי ישראלית, בדגש על לוחמה משפטית, ותמיכה בארגוני סיוע המקדמים חרם על ישראל.
בין אפריל 2011 וספטמבר 2012 ארגון אוקספם וסניפיו השונים פרסמו רק שלוש הודעות לעיתונות ועצומות המגנות את האלימות המתמשכת בסוריה. לשם השוואה, אוקספם גינה את ישראל לפחות תשע פעמים באותה תקופת זמן.
בשנת 2011, 20% מהמימון של הקרן החדשה (3.35 מיליון דולר בקירוב – ראה טבלה להלן) הועבר לארגונים ישראליים המעורבים בפעילות פוליטית שנויה במחלוקת, שמכוונת במידה רבה לקהל הבינלאומי. זאת בניגוד למטרות המוצהרות לנסות ולהשפיע על השיח הישראלי הפנימי.
בחודש האחרון, אברהם בורג והארגון החדש "מולד", פתחו במסע יחסי ציבור נרחב ושנוי במחלוקת, הכולל טורים שנכתבו על ידי בורג בניו-יורק טיימס, בעיתון האקונומיסט בנוסף, ובכתבה נרחבת בעיתון הארץ. ארגון זה שם לעצמו להשפיע על השיח הציבורי בישראל, וכמו ארגונים פוליטיים אחרים, ממומן באופן סודי על ידי האיחוד האירופי והקרן החדשה לישראל.
האיחוד האירופי וישראל הסכימו להגביר את שיתוף הפעולה המסחרי והדיפלומטי במסגרת הסכם ההתאגדות איחוד אירופי-ישראל. מספר ארגונים לא-ממשלתיים פוליטיים, פרסמו הודעות המגנות את האיחוד האירופי על כך שהוא לא משתמש בשיחות על מנת להטיל סנקציות על ישראל, כולל קריאות להקפאת ההסכם וביטולו. הצהרות אלו הן חלק מהקמפיין של הארגונים לנסות ולבודד את ישראל בזירה הבינלאומית באמצעות חרם, משיכת השקעות וסנקציות (BDS).
2024 כל הזכויות שמורות למכון לחקר ארגונים לא-ממשלתיים (ע"ר) 580465508
