ב-1 בנובמבר 2012 הוועד הישראלי נגד הריסת בתים פרסם את העדכון החודשי שלו, שכלל תיאור של "הקריסה הכלכלית" של הארגון. על פי מייסד הוועד ג'ף הלפר, הסיבה לכך היא "תלות יתר במספר קטן של תורמים עיקריים…בהתחשב במאגר המצומצם של תורמים המוכנים לקחת צעד קדימה ולתמוך בארגון כל כך ישיר".

כתוצאה מהקשיים הכלכליים, הארגון עומד בפני פינוי ממשרדיו, והמנהל השותף איתי אפשטיין (לשעבר מאמנסטי-ישראל) הודיע כי הוא עוזב את הארגון. הלפר הצביע על כך שהוועד יתמקד בגיוס כספים בשטח, בניגוד להגשת בקשות "לתורמים גדולים ובירוקרטיים".
התורמים העיקריים של הוועד הישראלי נגד הריסות בתים כללה את האיחוד האירופי; הממשלות של דנמרק, שוויץ, הולנד ושבדיה באמצעות המרכז לפיתוח ארגונים לא ממשלתיים; ספרד; טרוקרה (אירלנד); תוכנית הפיתוח של האו"ם; World Vision;  והוועדה המנוניטית המרכזית. בעוד ההודעה של הוועד לא פירטה איזה מימון הופסק, מענק מעורר מחלוקת על סך 169,661 אירו מהאיחוד האירופי הסתיים ביוני 2012. (על פי מידע זמין הוועד הישראלי נגד הריסות בתים לא הגיש דוחות שנתיים לרשם העמותות מאז 2007).
הקשיים של הארגון מדגימים את התלות העמוקה של ארגונים לא-ממשלתיים פוליטיים במה שהתורמים מכנים "תמיכה בפרויקטים". מקרה זה מבהיר כי טענות הממשלות התורמות שכספיהן אינם מממנים משכורות, נסיעות, יחסי ציבור ושכירות, אינן נכונות.
NGO Monitor מציין בנוסף שלמרות המשבר הכלכלי של הארגון, אפשטיין נסע ב-4 בנובמבר לעמאן, ירדן, כדי לסייע להכפשה של ישראל באמצעות האשמות שווא שניתנו לוועדת החקירה של האו"ם בנושא ההתנחלויות. בהתאם לאסטרטגיית דרבן, הצהרת הוועד הישראלי נגד הריסת בתים קראה ל"הפללתם של בכירים ישראלים המוציאים לפועל את מדיניות ההתנחלות והפעולות הקשורות אליה"; הארגון ציין את ראש הממשלה נתניהו, שר הבטחון ברק, שר המשפטים נאמן, הרמטכ"ל גנץ ואחרים כ"בעלי תפקידים ישראלים", שלכאורה "אחרים להוצאה לפועל של מדיניות ופעולות שייתכן והם מגיעים לכדי פשעי מלחמה ופשעים נגד האנושות"; ההצהרה גם המציאה פשע חדש נגד האנושות "כיבוש מתמשך ובלתי מוגבל".