ב-23 באוקטובר, 2012, עיתון "הארץ" באנגלית פרסם מאמר, תחת הכותרת: "רוב הציבור היהודי תומך באפרטהייד אם ישראל תספח את השטחים". המאמר מסתמך על סקר שנערך בקרב מדגם של 503 אנשים. מאמרו של גדעון לוי מבוסס על הסקר המגמתי והבעייתי הזה, אשר זכה להד תקשורתי נרחב; ניתוחו הועתק באופן מידי על ידי עיתון ה-  Guardian וה-Jewish Chronicle (שהסיר מאוחר יותר את המאמר מאתר האינטרנט שלו), וכן על ידי גופים נוספים המעורבים בדמוניזציה של ישראל ובקריאות לחרם, משיכת השקעות וסנקציות נגד ישראל. בניגוד לכך, פורסמו ביקורות המדגישות את המתודולוגיה הלקויה בה נעשה שימוש בסקר, אופיין המניפולטיבי של השאלות שנשאלו, והפרשנות הסלקטיבית של גדעון לוי.
בהקשר זה, תפקידה של הקרן החדשה לישראל הפך לנושא מהותי. בגרסה המקורית האנגלית של המאמר בהארץ נכתב כי "הסקר הוזמן על ידי קרן ישראלה גולדבלום של הקרן החדשה לישראל". יצוין כי שמה של הקרן החדשה לישראל הוסר בגרסה המתוקנת של המאמר באנגלית.] במאמר שנכתב בעברית לא היה אזכור של הקרן החדשה לישראל; במקום זאת נכתב כי קרן ישראלה גולדבלום "הוקמה ב-2007 במסגרת עמותת 'חותמים מחדש'".
לאחר שהקרן החדשה לישראל זיהתה את המחלוקות והביקורת בנושא, היא התנערה במהירות מהמאמר של לוי ומהסקר, ופרסמה הודעה לפיה  "עמותת 'חותמים מחדש' היא עמותה עצמאית…ושבניגוד לפרסום הבוקר ב'הארץ', היא אינה שייכת לקרן החדשה לישראל… הקרן החדשה לישראל מבהירה שהיא אינה עומדת מאחורי הסקר, שפורסם הבוקר ב'הארץ' ושהיא לא קשורה אליו בשום צורה שהיא." בנוסף, נועם שלף, סגן מנהל התקשורת של הקרן החדשה לישראל, פרסם מאמר דעה בבלוג Open Zion וקרא למאמרו של לוי "ייצוג מסולף של הנתונים".
עם זאת, לפי הראיות, מערכת היחסים בין הקרן החדשה לישראל, חותמים מחדש והמחלוקת הזו הינה מורכבת יותר מכפי שתואר בהודעת הקרן החדשה. זו מוסיפה לשאלות שכבר הועלו בעבר בנוגע למערכת קבלת ההחלטות של הקרן החדשה לישראל בכל הקשור להענקת מענקים ובקרה על פעילותיהם של מוענקים בעלי אופי פוליטי. NGO Monitor מציין כי:
1) הקרן החדשה לישראל הייתה היוזמת של ארגון "חותמים מחדש" (ארגון לא ממשלתי ישראל פוליטי), וממשיכה במימונו גם כיום, כולל אישור מענקים בסכומים של 100,000 דולרים בשנת 2011, 300,343 דולרים בשנת 2010, ו- 465,282 דולרים בשנת 2009.
עד שנת 2010, חותמים מחדש היה כלול בדו"חות הכספיים של הקרן החדשה לישראל תוך ציון כי "הקרן החדשה לישראל וחותמים מחדש חולקות ועד מנהל ואנשי צוות, כך שהקרן החדשה מפקחת על חותמים מחדש". בדו"ח הכספי לשנת 2010 של הקרן החדשה לישראל, חותמים מחדש (שאמנם היה רשום כמוענק) לא נכלל במאזן, בטענה ש"ב-31 בדצמבר, 2010, הקרן החדשה לישראל לא פיקחה על חותמים מחדש ולא לקחה חלק בפעולותיו".
2) אנשי צוות/ועד מנהל משותפים. בשנת 2010, ארבעה מחברי הצוות והועד המנהל של חותמים מחדש היו גם קשורים לקרן החדשה לישראל. הארבעה הללו הם: אלה אלקלעי, יו"ר הועד המנהל של חותמים מחדש וחברת הועד המנהל של הקרן החדשה לישראל; מיה שרגא- אלבלק, גזבר (וחותמת מורשה) של חותמים מחדש ומנהלת כספים ראשית בישראל עבור הקרן החדשה לישראל; סוזן בוגס סוויצקי, חברת וועד (וחותמת מורשה) בחותמים מחדש ומנהלת קשרי חוץ בישראל עבור הקרן החדשה לישראל; ואלן גולדברג, חברת וועד בחותמים מחדש ולשעבר מנכ"ל הקרן החדשה לישראל- בריטניה. (מידע בנוגע לשנת 2011 לא נמצא באתרי האינטרנט הרלוונטיים, כולל באתר חותמים מחדש. בתגובתה של הקרן החדשה לישראל ל- NGO Monitor נטען כי שלושה מתוך ארבעת האנשים הללו אינם קשורים עוד לקרן החדשה לישראל וגם לחותמים מחדש, והרביעית "תפנה בקרוב" את משרתה בוועד של חותמים מחדש).
בנוסף, עמירם גולדבלום, מייסדה של קרן ישראלה גולדבלום אשר מימנה סקר זה, הוא חבר במועצה הבינלאומית של הקרן החדשה לישראל.
3) "פעילי שלום וזכויות אזרח" של הקרן החדשה לישראל ניסחו את שאלות הסקר. השאלות בהן נעשה שימוש בסקר הזה נוסחו בידי אנשים הקשורים קשר הדוק לקרן החדשה לישראל ולמוענקים שלה. אחד מהם, מיכאל ספרד, הוא יועצם המשפטי של מספר מוענקים של הקרן החדשה, בהם יש דין, שוברים שתיקה, תנועת סולידאריות שיח' ג'ראח, והקרן למגיני זכויות אדם. אישיות נוספת היא אלון ליאל (לשעבר בכיר במשרד החוץ הישראלי ושגריר ישראל לדרום אפריקה) הנשוי למנכ"ל הקרן החדשה לישראל, רחל ליאל. שניים נוספים ששמם נקשר בניסוח השאלון הם מרדכי בר-און ואילן ברוך, חברים במועצה הבינלאומית של הקרן החדשה לישראל.  
הקרן החדשה לישראל: הכישלון בבקרה ומעקב אחר מוענקים מדגיש את הצורך בשקיפות וברפורמות
טענת הקרן החדשה לישראל שאינה אחראית לסקר, בהתחשב בכך שקרן יזמה ומממנת את חותמים מחדש וכך שישנה חפיפה רבה בקרב אנשי שני הארגונים, הינה מטעה. ההודעה שפורסמה על ידי הקרן החדשה לישראל המנסה להתנער מכל מעורבות אינה מספקת, ויש לבצע בעקבותיה חקירה עצמאית וגילוי מלא. כשם שהקרן החדשה לישראל לוקחת קרדיט כשפעולה של מוענקיה משפיעה באופן חיובי על ישראל, כן גם צריכה הקרן החדשה לישראל לקחת אחריות כאשר מוענקיה גורמים לנזק רציני.  
כפי שתועד על ידי NGO Monitor, במקרים של מוענקים אחרים של הקרן החדשה לישראל (בעבר ובהווה) המעורבים בדמוניזציה ובשימוש באסטרטגיית דרבן (קואליציית נשים לשלום, מאדה אל-כרמל, הועד הישראלי נגד הריסת בתים, מגזין 972+, שוברים שתיקה ואחרים)- מקרה זה מדגיש את הצורך בהערכה מחדש של חלוקת מענקי הקרן החדשה לישראל, שקיפות רחבה יותר, לרבות מצד מוענקיה, ביצוע שינויים מהותיים בארגון.          

[1] קרן ישראלה גולדבלום נקראת על שמה של סגנית נשיא הקרן החדשה לישראל, ממייסדות שלום עכשיו.