ב-24 לפברואר, 2016, הארגונים המוקד ובצלם, פרסמו דו"ח בשם "בחסות החוק: בין התעללות לעינויים במתקן החקירות 'שקמה'". כל הטענות לגבי "התעללות" ו"עינויים" הגיעו מפעילי טרור ומחשודים בפעילות טרור ששהו במתקן בין אוגוסט 2013 למרץ 2014, דרך משפחותיהם אשר פנו למוקד להגנת הפרט לאחר מעצרם (עמ' 7). בניגוד לרושם הנוצר מדו"ח זה, רק 14 מתוך 116 העצירים שרואיינו התלוננו על "אלימות פיזית" במהלך החקירה, וגם תלונות אלה בלתי ניתנות לאימות.

לאור האג'נדה האידאולוגית-פוליטית של ארגונים אלה וההאשמות המוטות שהעלו בעבר, נראה כי המניעים לפרסום זה אינם נובעים אך ורק מרצון לקדם ולשמור על זכויות האדם.

  • בדומה לפרסומים רבים של ארגונים לא ממשלתיים, גם לדו"ח זה אין מתודולוגיית מחקר אמינה. הדו"ח מורכב כולו מ"עדויות" שאותן לא ניתן לאמת, שנגבו מיחידים שיש להם תמריץ לשקר. לא סופקו ראיות תומכות לטענות האסירים.
  • "העדויות" בדו"ח הגיעו מיחידים שהורשעו או שהיו חשודים בעבירות ביטחון וטרור, אשר טענותיהם לקיומם של "עינויים" עלולות להיות שקריות מסיבות אישיות וטעמים פוליטיים. טרוריסטים פלסטינים ויהודים השתמשו בהאשמות בדבר עינויים באופן חוזר ונשנה כדי ליצור סימפטיה ולהסיט את תשומת הלב מפשעיהם הנתעבים.
  • ארגונים לא ממשלתיים המכפישים את ישראל האשמות בדבר עינויים משתמשים בהגדרה רחבה ביותר לגבי מהם עינויים. למשל, המוקד להגנת הפרט ובצלם מתלוננים ש"16 עצירים דיווחו שנערך עליהם חיפוש בעירום מלא, חוויה שאותה תיארו כמביכה ומשפילה". עם זאת, זהו נוהל עבור כל האסירים בישראל וגם מחוצה לה; למעשה, גם על ראש הממשלה לשעבר, אהוד אולמרט, חל אותו הנוהל כאשר הוא החל את ריצוי עונשו. צורות אחרות של עינויים אשר צוינו על ידי אותם ארגונים לא ממשלתיים, כוללות: "קללות והשפלות", "מזון מועט ובאיכות ירודה"/ "לכלוך או סירחון בתא", ו"מניעת מקלחת יותר משלושה ימים".
  • נראה כי פרסום הדו"ח תוזמן לחפוף עם הסקירה של ישראל בוועדת האו"ם נגד עינויים (אפריל-מאי 2016). דו"חות של ארגונים לא ממשלתיים מוגשים לוועדה עד סוף מרץ.
    • "המחקר" של הדו"ח התקיים בין "אוגוסט 2013 למאי 2014" (עמ' 7), ישנן אינדיקציות כי כל המקר המשלים הסתיים עד יוני 2015 (עמ' 14, 43, 53), ומועד פרסום הדו"ח הוא דצמבר 2015. עם זאת, בהודעה לעיתונות הפרסום הוא מיום ה-24 לפברואר 2016.
    • כפי ששמו של הדו"ח מרמז, הארגונים מדגישים ש"משטר החקירות שכרוך בהפעלת אמצעים כאלה…עוצב בידי רשויות המדינה…לא מדובר בעשבים שוטים שיש לעקור…" (עמ' 51). אין ראיות התומכות בטענה זו, והיא נועדה להכפיש את ישראל.
    • הדו"ח התפרסם בעיצומם של דיונים בבג"ץ לגבי עתירה מאותם ארגונים הכוללת האשמות זהות לאלו הכלולות בדו"ח. עם זאת, הוא פורסם לפני שמדינת ישראל מסרה את התייחסותה ולפני שבית המשפט פסק לגופו של עניין.
  • הפרסום מומן על ידי האיחוד האירופי. דגל האיחוד האירופי מודגש על כריכת הדו"ח, לצד לוגו של המוקד להגנת הפרט ובצלם, כך שאלה יוצרים את הרושם המוטעה כי האיחוד האירופי אימת את הטענות המובאות בדו"ח.
    • המחקר של NGO Monitor מראה כי המוקד מקבל מענק מהאיחוד האירופי בסכום של 654,423€ לתקופה מספטמבר 2013 עד אוגוסט 2016 לפרויקט "עינויים והתעללות בעצירים פלסטינים המוחזקים על ידי כוחות הביטחון הישראליים באמצעות סנגור משותף ופעולה משפטית" (ההדגשה אינה במקור): ה"מטרה הספציפית" האחת של הפרויקט היא: "לגרום לאחראים לתת דין וחשבון באמצעות תיעוד התעללות והפצת מידע באמצעות הציבור הבינלאומי והישראלי" (ההדגשה אינה במקור).
    • לפי רשם העמותות, בצלם דיווח על תרומה של 532,023 ש"ח מן האיחוד האירופי בשנת 2015 עבור "תמיכה בפרויקט נגד עינויים".