מנתוני מכון המחקר NGO Monitor, ממשלת גרמניה מממנת מספר רב של ארגונים פלסטינים, ישראלים ואירופיים, הפעילים במסגרת הסכסוך הערבי-ישראלי. המימון מועבר באמצעות סוכנויות פדרליות, קרנות פולטיות, ארגוני סיוע כנסייתיים וארגונים הומניטריים. חלקם פעילים בקמפיין ה-BDS ו/או משבחים טרור ואלימות ו/או משתמשים ברטוריקה ובדימויים אנטישמיים בוטים.

למשל, האגודה האקדמית הפלסטינית לחקר עניינים בינלאומיים (PASSIA). זוהי עמותה רשומה בישראל שמקבלת מימון דרך החברה הגרמנית לשת"פ בינלאומי (GIZ) ומקרן "פרידריך אברט" של המפלגה הסוציאל-דמוקרטית. העמותה תיארה את גל הדקירות ב-2015 כ"התקוממות צעירים" וציינה באופן חיובי את המחבל "השהיד בהא עליאן", שבאוקטובר 2015 רצח עם חברו שלושה ישראלים.

ארגון נוסף שמקבל מימון גרמני הוא אל-חק. על פי דיווחים, למנכ"ל הארגון שעואן ג'בארין, קשרים לארגון החזית העממית לשחרור פלסטין. גרמניה מממנת באופן ישיר ועקיף ארגונים נוספים עם קשרים לחזית העממית, כמו "וועדות העבודה החקלאית", שהוגדר על ידי הממשל האמריקאי כ"זרוע החקלאית של החזית העממית" ומקבל מימון גרמני דרך "מדיקו אינטרנשיונאל".

הארגון הפלסטיני "ועדות תיאום המאבק העממי" (PSCC) קיבל מימון בין השנים 2013-2016, מארגן הפגנות שלעיתים קרובות הופכות לאלימות, משתמש ברטוריקה של "שהידים" ומאשים את צה"ל בהאשמות שווא, למשל שקציני צה"ל מטרידים מינית קטינים פלסטינים על-מנת לסחוט מהם הודאה. מכון המחקר NGO Monitor פנה לבכירים רלוונטיים בגרמניה באשר לפעילות של PSCC. הפניות לא זכו לתגובה, אולם המימון ל-PSCC הופסק.

פרופ' ג'ראלד שטיינברג, נשיא מכון המחקר NGO Monitor: "המימון לארגונים בצלם ושוברים שתיקה אינו הבעיה המרכזית; קיימות בעיות חמורות יותר מבחינת המימון של ממשלת גרמניה וממשלות אירופיות לארגונים שנלחמים נגד הזכות של העם היהודי להתקיים בארצו. יש לנו חלון הזדמנויות לפתוח דיון ברמה הגבוהה ביותר בנושא הזה, באופן ישיר ובצורה שתביא לתיקון המצב".

הגב' אולגה דויטש, ראש דסק אירופה במכון המחקר NGO Monitor: "מזה שנים אנו מנסים להעלות את המודעות של מקבלי ההחלטות באירופה על תופעת המימון הבעייתי. לאחרונה, פרסמנו דו"ח שנשלח ל-3,000 חברי פרלמנט, אודות מימון אירופי לארגונים שמצדיקים טרור ואלימות, ומשתמשים ברטוריקה ובדימויים אנטישמיים בוטים. חברת הפרלמנט הגרמנית, השייכת למפלגת שר החוץ הגרמני, פרסמה הודעה לתקשורת ובה היא מציינת כי תופעת המימון לארגונים הללו היא מקוממת, וקוראת לדיאלוג ישיר בין הממשלות וניסוח הנחיות לגבי מימון".