ארגונים לא-ממשלתיים הטוענים כי הם מקדמים זכויות אדם ומטרות הומניטאריות אחרות בהקשר של הסכסוך הערבי-ישראל, עושים שימוש נרחב בדימויים אנטישמיים. קבוצה זו כוללת ארגונים בינלאומיים (אמנסטי אינטרנשיונל, Human Rights Watch), ארגונים פלסטיניים (מיפתאח, בדיל, סביל, קיירוס-פלסטין, אינתיפאדה אלקטרונית, התוכנית הקהילתית לבריאות הנפש בעזה) וארגונים ישראלים (קואליציית נשים לשלום, הוועד הישראלי נגד הריסת בתים).
הדוגמאות להלן כוללות הן אנטישמיות קלאסית והמוטיבים החוזרים שלה, בהם עלילות דם והתקפות תיאולוגיות על היהדות, והן "אנטישמיות חדשה" בה השנאה כלפי יהודים באה לידי ביטוי בדמוניזציה של ישראל ובמוסר כפול כלפיה.
האנטישמיות בהקשרה הנוכחי, מתבטאת בקמפיינים פוליטיים נגד ישראל מצדם של ארגונים לא-ממשלתיים, הפועלים על פי המתווה שנוסח בפורום הארגונים הלא-ממשלתיים של ועידת דרבן בשנת 2001. הקמפיינים הנ"ל כוללים פעילות של תנועת ה- BDS (חרם, משיכת השקעות וסנקציות) ולוחמה משפטית. בין משתתפי קמפיינים אלה ניתן למצוא גם קבוצת שוליים של יהודים קיצוניים, שגויסו בניסיון להימנע מהאשמות בדבר אנטישמיות, מוסר כפול ודמוניזציה.
ארגוני זכויות אדם כושלים גם בכתיבת דו"חות או גינוי אנטישמיות והסתה נגד יהודים, בייחוד כאשר אלו נשמעים מכיוון איראן ובעלות בריתה, ארגוני הטרור חיזבאללה וחמאס.
בניגוד לטענותיהם של הארגונים על כך שהם מבקרים את ישראל "באופן לגיטימי", הרטוריקה, הפרסומים והפעילות שלהם מפרה לעיתים את הגדרת האנטישמיות כפי שנוסחה על ידי האיחוד האירופי ועל-ידי ארה"ב. ראוי לציין שמסמך "הגדרת האנטישמיות" של מחלקת המדינה האמריקנית מונה את הדוגמאות הבאות כ"אנטישמיות בהקשר של מדינת ישראל":

הכפשת ישראל:

  • שימוש בסמלים ובדימויים של האנטישמיות הקלאסית לשם תיאור ישראל או אזרחים ישראלים.
  • עריכת השוואה בין המדיניות הישראלית הנוכחית לבין המדיניות הנאצית.
  • האשמת ישראל בכל המתחים הבין-דתיים והפוליטיים.

מוסר כפול כלפי ישראל:

  • התייחסות לישראל במוסר כפול על-ידי דרישה ממנה לנהוג באופן שאינו מצופה או נדרש מכל מדינה דמוקרטית אחרת.
  • ארגונים רב צדדים המתמקדים בישראל בלבד לשם חקירות בנושא השלום או זכויות האדם.

שלילת הלגיטימיות של ישראל:

  • שלילת זכותו של העם היהודי להגדרה עצמית ושלילת זכותה של מדינת ישראל להתקיים.

מימון
למרות הראיות הברורות על כך שארגונים משתמשים באנטישמיות, ממשלות ממשיכות לממן אותם. על מנת להצדיק מימון שכזה, בכירים חוזרים על הטענה שהמימון מועבר לטובת "פרויקטים" מסוימים בלבד שאינם קשורים להתבטאויות האנטישמיות של הארגון המוענק. עם זאת, המממנים הם אלה המאפשרים פעילות זו וחולקים אחריות מלאה לפעילותיהם של ארגונים אלה.
המימון הממשלתי המתמשך לארגונים העוסקים בפעילויות אנטישמיות ומשתמשים ברטוריקה אנטישמית, מדגיש את המוסר הכפול העקבי: שנאה כלפי יהודים מותרת באופן שלא היה עולה על הדעת כלפי כל קבוצה גזעית/אתנית/דתית אחרת; יתרה מזאת, הזכות של היהודים והישראלים להגדיר מה נחשב אפליה כלפיהם נשללת.

דוגמאות לפעילות אנטישמית של ארגונים לא-ממשלתיים המובאות בדו"ח זה:

עלילות דם ו"פרוטוקולים"

  • ארגון מיפתאח משתמש בעלילת הדם כדי לתקוף את הנשיא אובמה
  • בדיל: קריקטורות אנטישמיות וקמפיין נגד איפא"ק ונגד הליגה נגד השמצה
  • "בדיחה" אנטישמית בחשבון הטוויטר של פעיל אמנסטי, כריסטיאן בנדיקט
  • קואליציית נשים לשלום והוועד הישראלי נגד הריסת בתים בהפגנה
  • קן רות' (HRW) המתייחס לישראל וליהדות כ"פרימיטיביות"

אנטישמיות תיאולוגית

  • התפקיד המרכזי של ארגון סביל
  • ועידת "ישו במחסום" (2010)
  • הפצת "תיאולוגיית השחרור" הפלסטינית בכנסיות ברחבי העולם
  • קמפיינים לציון חג המולד

אנטישמיות חדשה, סטנדרטים כפולים ואסטרטגיית דרבן

  • תנועת ה-BDS וסטנדרטים כפולים
  • אתר "האינתיפאדה האלקטרונית" מוביל את האנטישמיות החדשה ברשת
  • שרה לי וויטסון, בכירה בארגון Human Rights Watch משתמשת בתפקידם המרכזי של יהודים בתנועת זכויות האדם האמריקאית כדי להשמיץ את ישראל כמדינה גזענית
  • אנטישמיות במרכז האמריקאי לקדמה (Center for American Progress)

ניצול השואה

  • מסמך שמומן על-ידי האיחוד האירופי, המציג את "המחיר ששולם" עבור הקמת ישראל
  • איתיג'אה: עזה – מחנה השמדה
  • התוכנית הקהילתית לבריאות הנפש בעזה: עדות בפני ועדת גולדסטון
  • הכחשת השואה על-ידי סוכנות הידיעות מען
  • המרכז לאינפורמציה אלטרנטיבית
  • האינתיפאדה האלקטרונית על הציונות והשואה
  • הקמפיין הפלסטיני לחרם אקדמי ותרבותי נגד ישראל (PACBI)
  • אמנסטי אינטרנשיונל ו"חומת המוות"
  • הרטוריקה הנאצית של ברית הילדים המזרח תיכונית
  • ארגון Free Gaza והרוויזיוניזם של השואה
  • שימוש ברטוריקה של השואה על-ידי ארגונים ישראלים