מאז ה-25 ביוני, 2006, יום חטיפתו של גלעד שליט, ארגונים לא ממשלתיים הטוענים למנדט של זכויות אדם הפגינו מעט מאוד עניין בזכויות האדם של שליט. ארגונים דוגמת Human Rights Watch, אמנסטי אינטרנשיונאל, רשת זכויות האדם האירופית ים-תיכונית (EMHRN), בצלם, רופאים לזכויות אדם – ישראל (רל"א – ישראל), גישה והאגודה לזכויות האזרח בישראל לא יצאו בקמפיינים מתמשכים בשבילו. גלעד שליט לא היה על סדר העדיפויות של הארגונים האלה.
במקום זאת, הם השתמשו בנושא זה כדי לגנות את התגובות הישראליות לטרור מעזה. ההצהרות שלהם השוו באופן לא מוסרי בין שליט, שהוחזק באופן בלתי חוקי, בלי קשר לעולם החיצון ובלי גישה לצלב האדום, לבין אסירים פלסטיניים שמוחזקים בבתי הכלא הישראלים בהתאם לחוק הבינלאומי.
מוסדות בינלאומיים דוגמת הצלב האדום ומועצת זכויות האדם של האו"ם לא הקדישו מספיק משאבים להפרה בוטה זו של זכויותיו של גלעד שליט. למעשה, בעוד שליט הוחזק בעזה בלי ביקורים של הצלב האדום, הארגון סיפק מחסה לבכירי חמאס במשרדיו במזרח ירושלים במשך יותר משנה, והפר בכך את המנדט לכאורה של הארגון להיות ניטראלי מבחינה פוליטית. בדומה לכך, דו"ח גולדסטון, שהיה מבוסס בעיקר על לובינג ודו"חות של ארגונים לא ממשלתיים, מיעט להתייחס לשביו של שליט.
בנוסף, ארגונים לא ממשלתיים לא גינו את הסחיטה הבלתי מוסרית של ישראל בידי החמאס, שכתוצאה ממנה ישוחררו מאות מחבלים, כולל רוצחים המרצים מספר מאסרי עולם, שנשפטו והורשעו בהליך הוגן. מלבד התמריץ הנוסף לפיגועים עתידיים נגד אזרחים, השימוש בגלעד שליט כבן ערובה כדי לגרום לשחרורם של אנשים שלא סיימו לרצות את עונשם על פשעים מחרידים, חותר תחת עקרונות משפטיים בינלאומיים ומקדם חסינות מעונש לפשעים חמורים.
ארגון גישה כתב "אנו שותפים לאנחת הרווחה שנשמעת היום בכל רחבי ישראל, ולהקלה שמורגשת היום במשפחת שליט ובמשפחות האסירים שישוחררו" (הדגשות נוספו). עדאלה, אל-מיזאן והאגודה הערבית לזכויות אדם "מחשיבים את שחרורם של 1027 אסירים פלסטינים וערבים מבתי הכלא הישראליים לצעד חיובי"(הדגשות נוספו). שהואן ג'בארין מארגון אל-חק טען ש"הטרנספר והגירוש של אזרחים מוגנים מנוגד לאמנת ז'נבה…גירוש זה הוא צעד נוסף במדיניות גירוש הפלסטינים של ישראל…המחשבה [הישראלית] שעומדת מאחורי [המדיניות הזו], היא שאם אתה גר בחו"ל אתה לא תחזור ותיקח את המשפחה שלך איתך"; המרכז הפלסטיני לזכויות אדם (PCHR), פרסם הודעה לעיתונות תחת הכותרת "יש להסיר את הסגר מעזה לאחר שהתירוץ של גלעד שליט נעלם".      
השוואה לא מוסרית
בעודם טוענים שהם מגנים על זכויותיו של שליט, אמנסטי אינטרנשיונאל ו-Human Rights Watch (HRW), השוו באופן לא מוסרי בין שליט שהוחזק באופן בלתי חוקי, בלי קשר לעולם החיצון, ושמשפחתו לא ידעה על מצבו הרפואי לבין אסירים פלסטינים שנמנעו מהם ביקורי משפחות בבתי הכלא בישראל בשל המצב הבטחוני והסגר על עזה
הודעות אלה גם מתעלמות מכך שאסירים בבתי הכלא בישראל מוחזקים על פי דרישות, ובמקרים רבים מעבר לדרישות המשפט הבינלאומי. חשוב לציין שאסירים פלסטינים מקבלים ביקורים של הצלב האדום ועומדים בקשר רציף עם בני משפחותיהם.
 
שימוש בגלעד שליט כדי לתקוף את ישראל
רוב ההתייחסויות בנושא גלעד שליט אצל ארגוני זכויות האדם אינם מתמקדים בזכויות של שליט ומתעלמים מהפרת החוק הבינלאומי על ידי הפלסטינים. במקום זאת, הארגונים מנצלים את מצבו, ואת התגובה הלגיטימית של ישראל לאלפי טילים ופצצות מרגמה, ירי ופיגועים כנגד אזרחים ישראלים, על מנת לגנות את מעשי ישראל כ"בלתי חוקיים" וכ"ענישה קולקטיבית".
אמנסטי אינטרנשיונל
  • אמנסטי לא הגיבו על חטיפתו של גלעד שליט עד לאחר תגובתו של צה"ל. בהודעה הראשונה שפורסמה(26 ביוני, 2006) ציין הארגון כי "לקיחת בני ערובה…חייבת להפסק" אך עם זאת הביע "דאגה על השימוש המוגזם בכוח ועל ההרס הבלתי  מבחין של רכוש ותשתיות אזרחיות על ידי הכוחות הישראלים". 
  • ההודעה השנייה לעיתונות (20 ביוני, 2006) דרשה את שחרורו של "גלעד שליט באופן מידי וללא פגע". עם זאת, ההודעה התמקדה בעיקר ב"התקפות המכוונות" של ישראל ה"מהוות פשעי מלחמה".
  • בהודעות מתאריכים ה-1 ליוני 2010, וה-17 ליוני 2010, אמנסטי הזכיר את גלעד שליט כ"אחת ההצדקות של ישראל למצור" ול"ענישה קולקטיבית".
 
Human Rights Watch (HRW)– ללא יוצאים מן הכלל, הצהרות הארגון בנושא שליט מלוות בגינויים לתגובות הישראליות לטרור פלסטיני מעזה.
  • בהודעה לעיתונות מה-28 ביוני 2006, שפורסמה לאחר חטיפת שליט, תחת הכותרת "המתקפה הישראלית חייבת להגביל פגיעה באזרחים", וכללה האשמות של "ענישה מיותרת של האוכלוסייה האזרחית". רובה של ההודעה, כולל הפסקה המסכמת, עוסקת בישראל ומציינת ש"ההפרות" הישראליות היוו תמריץ לתגובת HRW, בעוד גלעד שליט היווה שיקול משני.
  • בהתאם לכך, ביולי 2007, HRW קראו "לקבוצה המחזיקה את החייל בן-ערובה לשחרר אותו מידית". למרות זאת, הדו"ח גם מאשים ישראל בהפרות של זכויות אדם בניסיון לשחרר את שליט: "רק לאחר תפיסתו של רב"ט שליט, ישראל התחילה לעצור מחוקקים ושרים מהחמאס שהשתתפו בבחירות הפלסטיניות בינואר שאושרו על ידי ישראל בינואר 2006…תגובת ישראל ללקיחת בני ערובה אינה צריכה להיות מעצרים שרירותיים".
  • בפרסומים אחרים, HRW מגנה את התגובות המידיות של ישראל לחטיפה הבלתי חוקית והתגברות ירי הטילים מעזה: "לאחר שקבוצה פלסטינית חמושה מעזה לכדה את החייל הישראלי גלעד שליט והחזיקה אותו כבן ערובה באופן בלתי חוקי, חיל האוויר הישראלי שיגר שמונה טילים לעבר תחנת הכוח היחידה של עזה, ובכך הוציא מכלל פעולה את ששת השנאים" (13 בינואר, 2009).
  • במקרה נוסף, HRW המעיט בערכן של הפרות זכויותיו של שליט, בעודו מדגיש את "פשעי המלחמה" הישראלים: "מאז שחמאס השתלט על הרשות הפלסטינית במרץ 2006, בהמשך לניצחונו בבחירות בינואר הקודם, ובמיוחד לאחר שחמאס לכד את הרב"ט הישראלי גלעד שליט ביוני השנה, ישראל הפכה את האפשרות של הפלסטינים לצאת מעזה כמעט בלתי אפשרית… הצהרותיהם של בכירים ישראלים השבוע נראים כמכירות שהמצור מהווה ענישה קולקטיבית" (25 בינואר, 2008).
 
ארגונים לא-ממשלתיים ישראלים ופלסטינים
 
  • "עתירה לחידוש ביקורי המשפחות לאסירים מרצועת עזה המחוזקים בבתי הכלא הישראלים", מטעם ארגון גישה, המוקד להגנת הפרט, אדמיר, בצלם, הועד הציבורי נגד עינויים בישראל, המרכז הפלסטיני לזכויות אדם, יש דין, מרכז עזה לבריאות הנפש, רופאים לזכויות אדם ועמותת אב"י-פלסטין (12 ביוני, 2008). בעתירה נטען כי "עם כל הכבוד לרצון לראות את גלעד שליט מקבל ביקורים ומשוחרר בקרוב, מניעת זכויות קולקטיבית מאסירים פלסטינים על מנת לשכנע אחרים למטרה זו, משולה לשימוש באסירים כקלפי מיקוח", בעוד העתירה מזכירה את שליט, לא הועלו בה דרישות לגבי דיון בזכויותיו, או הצהרה ציבורית דומה, והעתירה מתעלמת באופן מוחלט מהשימוש בשליט כקלף מיקוח.
 
בצלם – ברוב הצהרותיו בנושא גלעד שליט, בצלם, כמו ארגונים פוליטיים נוספים, אינו דורש לשחררו או להעניק לו יחס הוגן. במקום זאת, הארגון מאשים את ישראל בהפרת החוק ההומניטארי הבינלאומי באמצעות צעדים שנועדו "להעניש ולרדוף את ההנהגה הפלסטינית" (1 באוגוסט, 2007); "להעניש קולקטיבית את האוכלוסייה האזרחית ברצועת עזה" (30 באוגוסט 2006, ראה גם כאן ו-כאן) ו"לסיפוק הרצון לנקמה" (27 בספטמבר, 2006). דו"חות דומים מבטלים את הצרכים הביטחוניים של ישראל (23 בפברואר, 2007).
רופאים לזכויות אדם – ישראל
  • שבוע לאחר חטיפתו של שליט, הארגון האשים את ישראל ב"נקמה, ובהחדרת פחד לאוכלוסייה האזרחית, אשר שניהם אסורים בבירור" (3 ביולי, 2006).
 גישה
 האגודה לזכויות האזרח בישראל
  • בתגובה לדיווחים שהרשויות הישראליות, שוקלות להטיל הגבלות על אסירים פלסטינים, האגודה פרסמה הודעה לעיתונות (16 במרץ, 2009): "חשוב וראוי לעשות את כל מה שניתן כדי להשיב את גלעד שליט לביתו. אולם כל ניסיון לשלול מאסירי החמאס את הזכויות הבסיסיות, המגיעות לכל אדם באשר הוא, ואשר נשללו שלא כדין מגלעד שליט, הוא פסול, ויסב נזק עצום לישראל כמדינה דמוקרטית."
 
חוסר בקמפיינים מתמשכים
אף ארגון זכויות אדם, ישראלי או בינלאומי לא ניהל קמפיין מתמשך למען יחס הוגן לשליט ו/או למען שחרורו. הודעות לעיתונות או הצהרות היו מעטות, ומאות הדו"חות של הארגונים, הודעות לתקשורת, פגישות באו"ם ומאמרי הדעה נגד הסגר על עזה ובעד זכויות האסירים הפלסטינים האפילו עליהן.
ארגונים ישראלים ופלסטינים – שתי קבוצות שונות של ארגונים פרסמו הצהרות משותפות בנושא שליט, הראשונה יומיים לאחר חטיפתו והשנייה ביום השנה החמישי לחטיפה. בין לבין, לא נעשו מאמצים משותפים לתמיכה בשליט; למעשה, בתקופת הביניים חלק מהחותמים פעלו באופן משותף לתמיכה באסירים הפלסטינים.
  • "ארגוני זכויות אדם ישראלים ופלסטינים: שמרו על חייו ובריאותו של החייל החטוף" , נחתמה על ידי רופאים לזכויות אדם-ישראל, בצלם, אל-מיזאן, המוקד להגנת הפרט, מרכז עזה לבריאות הנפש, אדמיר, האגודה לזכויות האזרח בישראל והוועד הישראלי נגד עינויים (27 ביוני 2006): "קואליציית ארגונים זו קוראת לכל הקבוצות המחזיקות את החייל הפצוע גלעד שליט לדבוק באמנת ג'נבה אשר פוסקת את האחריות להגן על חבר כוחות מזוינים פצוע או חולה ואחריות לספק לו טיפול רפואי הולם".
  • "בני אדם אינם קלפי מיקוח", נחתמה על ידי אמנסטי אינטרנשיונל, בצלם, במקום, גישה, HRW, הפדרציה הבינלאומית לזכויות אדם, המרכז הפלסטיני לזכויות אדם, רופאים לזכויות אדם-ישראל, הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל, רבנים למען זכויות אדם, האגודה לזכויות האזרח וארגון יש דין (24 ביוני, 2011): "הארגונים גורסים שמעשה זה הוא בלתי אנושי והוא הפרה של החוק ההומניטארי הבינלאומי. רשויות החמאס בעזה חייבות באופן מידי לשים סוף ליחס האכזרי והלא-אנושי כלפי גלעד שליט. עד לשחרורו, הם חייבים לאפשר לו לתקשר עם משפחתו ולהעניק גישה לצלב האדום."
 
אמנסטי אינטרנשיונל – יחסית לארגונים לא-ממשלתיים אחרים, אמנסטי מצאו עניין אקטיבי יותר במקרה של שליט מיד לאחר חטיפתו. עם זאת, אמנסטי, שהוקם על מנת להגן על אסירים פוליטיים, לא יצא בקמפיין משמעותי. למעשה, ריקרדו פסיפיסי, ראש הקהילה היהודית ברומא, ציין את "ההיעדרות המשמעותית" של נציגי אמנסטי מהטקס הבין דתי שהתקיים ביוני 2010 ברומא הקורא לשחרורו של שליט.
רק ביולי 2011, חמש שנים לאחר ששליט נלקח כבן-ערובה, אמנסטי החלו ב"פעילות" לתמיכה בזכויותיו. 
Human Rights Watch (HRW) – בנוסף לפרסום הודעות בשנים 2009 ו-2010 ביום השנה לחטיפתו של גלעד שליט, HRW ציינו את נושא שליט במספר הודעות לעיתונות אבל לא פתחו בקמפיין משמעותי. בנוסף,על פי בכירים ב-HRW, "בכירי חמאס סירבו לבקשת HRW לבקר את שליט ולבדוק את תנאי כליאתו במהלך פגישה בעזה במאי [2010], באומרם שהם לא ייקחו את הסיכון שמקום הימצאו יתגלה, למרות ש-HRW הציע לנסוע למקום בעיניים מכוסות ולקבל עליו כל דרישה ביטחונית נוספת שהחמאס ירצה".  
רופאים לזכויות אדם – ישראל – על פי בקשתה של מיקי גולדווסר אמו של אהוד גולדווסר, ארגון רל"א-ישראל פנה (22 בפברואר 2007) לארגוני זכויות אדם לבנונים כדי לעמוד על זכותם של החטופים הישראלים לביקורי צלב אדום ול"מידע בנוגע למצבם ומיקומם". אין סימנים לכך שהנושא המשיך לעמוד על סדר היום של רופאים לזכויות אדם מעבר למכתב הראשוני.
מאז, רל"א – ישראל שנוסד כדי להיאבק "למען זכויות אדם בכלל והזכות לבריאות בפרט", התעלם כמעט לגמרי מסירובו של החמאס לאפשר גישה של הצלב האדום לשליט. רל"א-ישראל הזכירו את שליט בהודעה לעיתונות ב-24 באוגוסט 2009, בהקשר של ההחלטה של שירות בתי הסוהר (שב"ס) למנוע ביקורים אצל אסירים ביטחוניים בבתי הכלא בישראל. רל"א-ישראל טען כי הזכות לביקורי משפחות מעוגנת באמנות בינלאומיות, וקרא לשחרר את שליט.
בצלם – מכל הארגונים הלא ממשלתיים הטוענים למנדט זכויות אדם, בצלם היה העקבי ביותר בכך שהארגון ציין באופן עקבי ששליט הוא בן ערובה שמוחזק באופן לא חוקי, שזכויותיו הבסיסיות ביותר מופרות על ידי החמאס, ושיש לשחררו "באופן מיידי". בו זמנית, בצלם לא פתח בקמפיין אינטנסיבי ועקבי למען שליט.
לדוגמא, בצלם היה ארגון זכויות האדם היחיד שציין את יום השנה הראשון לחטיפתו של שליט. ביום השנה השלישי והרביעי של החטיפה, בצלם פרסם הודעות לעיתונות שקוראות לשחררו. בנוסף, באתר האינטרנט של בצלם בחלק של האתר המוקדש ל"רצועת עזה", יש חלק תחת הכותרת "חמאס חייב לשחרר את גלעד שליט עכשיו". הארגון גם מאזכר את גלעד שליט במאמר "המצור על רצועת עזה".