מדיניות האיחוד האירופי כלפי ישראל, הסכסוך עם הפלסטינים והשינויים האזוריים, מושפעת במידה רבה מהיחסים ההדוקים שהאיחוד מקיים עם קבוצה צרה של ארגונים לא-ממשלתיים פוליטיים. מערכת היחסים בין האיחוד לארגונים אלה כוללת מימון בהיקף נרחב שמאופיין בחוסר שקיפות, כמו גם "מיקור-חוץ" של המחקר והמלצות למדיניות לאותה קבוצה של ארגונים.

מחקר מקיף של NGO Monitor הראה כי ארגונים פוליטיים ישראלים ופלסטיניים מקבלים יותר כספים מאשר כל מדינה אחרת באמצעות מסגרת המימון של האיחוד האירופי – "המכשיר האירופי לדמוקרטיה ולזכויות אדם" (EIDHR). "העובדה שחלק כה גדול מהמימון של האיחוד במזרח התיכון ממוקד בביקורת על ישראל הוא אבסורדי, כאשר בו בזמן מסגרת זו מזניחה את תחום זכויות האדם באיראן, מצרים, סוריה ומדינות אחרות במזרח התיכון", אומר פרופ' ג'ראלד שטיינברג, נשיא מכון המחקר NGO Monitor. "להתבססות האיחוד על דיווחים מוטים וחסרי אמינות מטעמם של ארגונים הפועלים להחרים את ישראל ולהכפישה, יש תרומה שלילית לעיצוב מדיניותו כלפי תהליך השלום".

חוסר השקיפות של האיחוד בהעברתם של עשרות מיליוני אירו לארגונים פלסטינים וישראלים באמצעות EIDHR ותוכנית "שותפות לשלום" (PfP), חוסמת בין השאר את האפשרות להציב איזונים ובלמים ראויים, כמו גם הערכות עצמאיות. כפי שממחיש המקרה של הארגון הישראלי הקיצוני "קואליציית נשים לשלום" אשר קיבל יותר מ-600,000 אירו מהאיחוד בשנים האחרונות, החשאיות הרבה בה מתקבלות ההחלטות לממן את הארגון מפרה את הנורמות של מנהל תקין (NGO Monitor הגיש לאיחוד האירופי בקשה לגילוי מסמכים בעניין ב-14 במאי, ונכון ל-9 בספטמבר הבקשה "נמצאת בבחינה").

בנוסף, על פי NGO Monitor ישנן דוגמאות רבות מדי בהן האיחוד האירופי מעביר ל"מיקור חוץ" את מדיניות החוץ שלו במזרח התיכון לאותה קבוצה קטנה של ארגונים הממומנת על ידי משלם המיסים האירופי.

דו"ח מוטה מטעמם של 22 ארגונים פוליטיים שמוען לאיחוד האירופי מקושר ישירות למדיניות החדשה של האיחוד שמטרתה הגדרת גבולותיה של ישראל באופן חד-צדדי ולמתיחות הרבה בין ישראל לאיחוד שמדיניות זו יצרה. בדומה לכך, בין השנים 2012-2010, שישה דוחות של האיחוד שעסקו בירושלים, שטח C, ואזרחי ישראל הערבים, העתיקו האשמות מוטות ושקריות רבות שאותם ארגונים מפיצים.

ביקורה של משלחת האיחוד לישראל הוא הזדמנות בשביל חבריה לפרוץ את הגבולות הצרים של הארגונים איתם האיחוד מקיים קשרים ולפנות לחלקים מגוונים של החברה הישראלית. על סדר היום לכלול גם שקיפות במימון לארגונים פוליטיים, והערכה של השפעת יחסים אלה על מדיניות האיחוד בתחומי הביטחון והמשא מתן לשלום. באמצעות תהליך זה, האיחוד האירופי יכול להגביר את אמינותו ולתקן את הנזק ליחסים עם ישראל.