לדברי מכון המחקר NGO Monitor, ​המדיניות של האיחוד האירופי בנושא המורכב של הסכסוך הערבי-ישראלי מוכתבת על ידי ארגונים לא-ממשלתיים פוליטיים, אשר לוקחים חלק במסע הדה-לגיטימציה נגד מדינת ישראל. צעדים כגון חרם אינם מועילים ורק מרחיקים את הסיכוי להידברות ולתהליך שלום המבוסס על אמון בין הצדדים.

נשיא NGO Monitor, פרופ' ג'ראלד שטיינברג ציין כי: "ההנחייה החדשה של האיחוד האירופי מעידה על ההשפעה שיש לארגונים הלא-ממשלתיים, אותם הוא מממן, על מדיניותו. לא אחת ראינו כי האיחוד האירופי מסתמך על דוחות של ארגונים פוליטיים מבלי לבצע בדיקת אמינות תוכנם. ההשלכות המעשיות של מדיניות זו מטרידות ומבטאות אג׳נדה מוטה וחד צדדית".

דו"ח של NGO Monitor, תחת הכותרת "דיפלומטיה ממוחזרת", הראה את הקשר הישיר בין ארגונים הממומנים על ידי האיחוד האירופי לבין קביעת מדיניות המבוססת על חצאי אמיתות ודיווחים לא מבוססים, בעיקר בנושאי ירושלים, שטח C, ערביי ישראל והמתיישבים היהודים באיו"ש.