האיחוד האירופי מזה שנים מממן ארגונים פוליטיים לא ממשלתיים, וניתוחים של מכון המחקר NGO Monitor הראו שהאיחוד האירופי הוא התורם הממשלתי הגדול ביותר לארגונים הללו בשנים 2014-2012. רוב הארגונים קשורים זה לזה, ולעתים קרובות חולקים חברי וועד. בנוסף, יש מקרה ברור של מימון כפול – ארגון שמקבל שני מענקים שונים מהאיחוד האירופי לשני פרויקטים שהם למעשה פרויקטים זהים.

כפי שניתן לראות באתר EuropeAid, מאז נובמבר 2015, האיחוד האירופי העביר שבעה מענקים חדשים, בהיקף של 1.9 מיליון אירו לארגונים הבאים (כולם ממומנים על ידי הקרן החדשה לישראל):

  • בלדנא – מתייחס להקמתה של מדינת ישראל כאל "נכבה" (אסון) ומעודד בני נוער ערבים ישראלים לסרב לשרת בצה"ל או בשירות לאומי. קיבל 244,371 אירו עבור "קידום והגנה על חופש הביטוי של הנוער הערבי בישראל".
  • עמק שווה – ארגון פוליטי, טוען כי החפירות הארכיאולוגיות של ישראל ממדרות את התושבים הפלסטינים מסביבתם, תוך השמטת החפירות של הווקף המוסלמי שניסו למחוק את ההיסטוריה היהודית מהר הבית. פעיל עמק שווה, יונתן מזרחי, השווה את החפירות הארכיאולוגיות של ישראל למנהרות הטרור של חמאס. קיבל 240,000 אירו עבור "זכות על אדמות ומורשת תרבותית בשטח C בגדה המערבית".
  • סיכוי – קיבל 250,000 אירו עבור "קידום השוויון בתקציבי ממשלה ובהקצאות משאבים לאזרחים הערבים הבדואים בכפרים הלא מוכרים/בכפרים שהוכרו לאחרונה בנגב".
  • המוקד – מגיש באופן קבוע עתירות לבג"ץ ומעלה האשמות לא מדויקות ומסיתות שישראל מבצעת "אפרטהייד", "גירוש", "עינויים", ו"העברה בכפייה". קיבל 204,576 אירו עבור "נוער במעצר: מניעת התעללות של קטינים פלסטינים שנעצרו במזרח ירושלים".
  • האגודה לזכויות האזרח בישראל – קיבלה 253,289 אירו עבור "חופש הביטוי ולחימה בשיח הגזעני בישראל".
  • מכון אדם לדמוקרטיה ושלום קיבל 250,000 אירו באוגוסט 2015 עבור פרויקט "מילים משנות: חינוך לחופש הביטוי" פרויקט זה הוא פעילות משותפת עם האגודה לזכויות האזרח, אשר כפי שצוין לעיל קיבלה עוד מענק עבור מטרה דומה, בפרק זמן חופף. השתתפותה של האגודה לזכויות האזרח אינה מוזכרת בדף האינטרנט של EuropeAid על מענק זה.
  • איתך-מעכי (משפטניות למען צדק חברתי), קיבלה 476,108 אירו החל מתחילת פברואר 2016. אף שרוב פעילותה לא קשורה לסכסוך הישראלי-ערבי, מרשימת חברי ההנהלה עולה כי ישנה קרבה רבה בין הארגונים הנ"ל, וכן קרבה לארגונים לא ממשלתיים ישראלים פוליטיים אחרים:
    • חברת הנהלה בעמותת איתך מעכי, פרופ' נטע זיו, עבדה כעורכת דין וכמנהלת המחלקה המשפטית באגודה לזכויות האזרח בין השנים 1996-1986 וכיהנה כסגנית נשיא בקרן החדשה לישראל (NIF) בשנים 2010-2000.
    • חברת הנהלה באיתך-מעכי, עו"ד סאוסן זהר, חברה גם במחלקה המשפטית של עדאלה, ארגון שנתמך על ידי הקרן החדשה לישראל והאיחוד האירופי. עדאלה עושה שימוש בטיעונים משפטיים מעוותים ובטענות משפטיות במטרה להכפיש את ישראל, ומאשים אותה בגזענות, "פשעי מלחמה" והפרות אחרות של המשפט הבינלאומי. עדאלה מתנגד לזכותה של ישראל להגדרה עצמית כמדינה יהודית.
    • חברת הנהלה באיתך מעכי, עו"ד רחל בנזימן לשעבר מנכ"לית האגודה לזכויות האזרח בישראל.
    • חברת הנהלה באיתך מעכי, הנרייט דהאן כלב, הייתה חברת הנהלה ויו"ר של בצלם, נתמכת נוספת של הקרן החדשה לישראל והאיחוד האירופי. דהאן-כלב היא גם חברת הנהלה של המרכז לאינפורמציה אלטרנטיבית (AIC), ארגון קיצוני המקדם BDS ורואה בישראל מדינת אפרטהייד.
    • יוסף שוורץ הוא מייסד המוקד, משמש כחבר הנהלה, יושב הראש של המרכז לאינפורמציה אלטרנטיבית, ומשמש כיועץ לקרן החדשה לישראל.